Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 10 Tahun 2023 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Bidang Kekarantinaan Kesehatan menyebutkan bahwa Kantor Kesehatan Kelas II Mataram akan menjadi Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Mataram dan mempunyai tugas yaitu melaksanakan upaya cegah tangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan di wilayah kerja pelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat negara.

Dalam melaksanakan tugas mempunyai fungsi sebagai berikut:

1. 1. Penyusunan rencana, kegiatan, dan anggaran;
   2. Pelaksanaan pengawasan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
   3. Pelaksanaan pencegahan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
   4. Pelaksanaan respon terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
   5. Pelaksanaan pelayanan kesehatan pada kegawatdaruratan dan situasi khusus;
   6. Pelaksanaan penindakan pelanggaran di bidang kekarantinaan kesehatan;
   7. Pengelolaan data dan informasi di bidang kekarantinaan kesehatan;
   8. Pelaksanaan jejaring, koordinasi, dan kerja sama di bidang kekarantinaan kesehatan;
   9. Pelaksanaan bimbingan teknis di bidang kekarantinaan kesehatan;
   10. Pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang kekarantinaan kesehatan; dan
   11. Pelaksanaan urusan administrasi KKP.

Sesuai Edaran Nomor OT.01.01/C/2174/2023 Tentang Tindak Lanjut Terbitnya Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 10 Tahun 2023 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Kekarantinaan Kesehatan tanggal 8 Mei 2023 menyebutkan masa transisi dilakukan secara bertahap dan berlaku pada tahun 2024. Oleh karena itu, saat ini masih mengacu pada struktur organisasi yang sebelumnya.