Visi: Menjadi balai kekarantinaan kesehatan yang profesional, tangguh, adaptif, dan terpercaya dalam perlindungan kesehatan masyarakat di pintu masuk negara dan wilayah kerja.
Misi: Memperkuat pengawasan faktor risiko kesehatan, meningkatkan layanan publik berbasis digital, memperkuat koordinasi lintas sektor, dan menyediakan informasi publik yang cepat serta akuntabel.